Le fonctionnement du Pôle est régi par la convention de coopération. La direction du Pôle définit le schéma d’orientation, s’assure de son application et de la gestion financière. Près des agents, elle reçoit et discute des différentes propositions de projets finançables par le Pôle. La direction s’entoure d’un comité de direction (CODIR) représentant les entités constitutives du Pôle. Le CODIR élabore et priorise les actions du Pôle, s’assure de la bonne marche des travaux du Pôle et des choix stratégiques vis-à-vis des enjeux de recherche et de gestion. Il s’assure également de la valorisation des travaux du Pôle, de son animation et de la communication en organisant des journées d’échanges internes ou ouvertes aux partenaires externes.

Enfin, la direction rend compte de l’activité du Pôle au Comité de Pilotage (COPIL). Le COPIL est constitué de représentants désignés par les 4 établissements de tutelle. Il étudie et valide ses bilans et ses choix, tout en veillant à la bonne exécution de la convention de coopération.

Spécifiquement, la sélection des actions de recherche et développement passe par une évaluation et un classement réalisé par le CODIR. La direction du Pôle porte ensuite les propositions retenues devant le COPIL pour validation.