Le Pôle MIAME contribue à des projets de grandes ampleurs qui lui permettent d’affirmer sa position de leader sur les migrateurs amphihalins et de renforcer son réseautage à l’étranger sur la thématique. Ces projets permettent en outre de travailler à des échelles de gestion plus proche du fonctionnement des populations de migrateurs amphihalins. D’envergure européenne pour l’essentiel, ces projets ont pour objectif de mieux évaluer le statut de conservation des populations de migrateurs amphihalins et de leurs habitats, et de proposer des recommandations pour leur gestion.

Les programmes SAMARCH (Europe Interreg Channel area) et SUDOANG (Europe Interreg Sudoe area qui s’est terminé en 2021) portent respectivement sur les salmonidés dans la Manche (avec le Royaume-Uni) et l’anguille dans le sud-ouest de l’Europe (avec l’Espagne et le Portugal). L’implication du Pôle dans de tels projets tient de la participation ou du pilotage de travaux de recherche, ainsi que la mise en œuvre de protocoles expérimentaux sur les sites de l’observatoire.

Dans sa mission de développement de sites pilotes, le Pôle s’implique dans le programme Sélune. Ce programme s’intéresse à la restauration des continuités écologiques sur le fleuve Sélune (Baie du Mont Saint-Michel), dans le contexte de l’arasement de deux grands barrages (18m et 36m) sur son cours inférieur. Il fait l’objet d’un accord-cadre multipartenaire spécifique d’une durée de 10 ans. Il regroupe une vingtaine d’unités de recherche sur des thématiques de sciences humaines et sociales, géographie, agronomie, géomorphologie, chimie et écologie. Le Pôle anime la cellule de coordination du programme Sélune, qui s’occupe des relations entre les partenaires scientifiques et institutionnels, des comités de suivis, et de la valorisation.